敦煌研究院是负责世界文化遗产敦煌莫高窟、天水麦积山石窟、永靖炳灵寺石窟，全国重点文物保护单位瓜州榆林窟、敦煌西千佛洞、庆阳北石窟寺管理的综合性研究型事业单位。院本部位于敦煌市东南25千米处的莫高窟，分院位于兰州市城关区。

敦煌研究院的前身是1944年成立的国立敦煌艺术研究所，1950年改名为敦煌文物研究所，1984年扩建为敦煌研究院。2017年，敦煌研究院形成了“一院六地”的管理和运行格局。敦煌研究院设党委、院务委员会、纪律检查委员会、学术委员会和工会委员会。设置13个业务部门、11个管理服务部门、5个直属事业单位、7个文化企业。也是国家古代壁画与土遗址保护工程技术研究中心、古代壁画保护国家文物局重点科研基地、甘肃省敦煌文物保护研究中心的依托单位。截至2025年1月，全院职工总数为1667人。

敦煌研究院坚持“保护、研究、弘扬”的工作方针，几代莫高窟人攻坚克难，锐意进取，逐步形成了“坚守大漠、甘于奉献、勇于担当、开拓进取”的“莫高精神”，以及符合文化遗产事业发展规律的“十位一体”战略发展模式和“基于价值完整性的平衡发展质量管理模式”。已发展成为我国拥有世界文化遗产数量最多、跨区域范围最广的文博管理机构，在国内外具有相当影响力的遗址博物馆、敦煌学研究实体、古代壁画与土遗址保护科研基地、国家一级博物馆。2010 年在巴西召开的世界遗产委员会第 34 届会议上，莫高窟被誉为“有效保护与可持续旅游管理方法的典范”。

2019年8月19日，习近平总书记视察敦煌研究院并发表重要讲话，提出了把敦煌研究院建设成为世界文化遗产保护的典范和敦煌学研究的高地的要求。敦煌研究院正遵循习近平总书记的指示努力奋斗。