敦煌研究院着力拓展更深更广领域的学术研究，把科研项目作为开展高水平科学研究和支撑高质量人才培养的重要依托，开展了一批高水平学术研究、产出一流学术成果和培养一流人才的科研项目。

2020年，敦煌研究院参与国家重点研发计划1项，参与甘肃省文博单位文物安全风险评估体系建设设计示范应用研究2项，完成院辖六处石窟的13项文物保护工程，修复各类壁画病害近400平方米，修缮彩塑70余身。成功申报10项国家重点研发项目、国家重点研发课题和国家自然科学基金课题，同时参与3项国家重点研发课题的研究任务，获批研究经费总额达4300余万元。推动8项地方标准编制，促进文物行业标准化发展。完成壁画数字化方案设计22项，彩塑三维重建数字化方案设计5项，洞窟前期勘察24项等基础工作，涵盖了除石窟寺以外的大遗址、长城、古建筑等不同类型文物；承担国家级、省部级以及院级课题总计14项；有序推进可移动文物数字化，拍摄和扫描白描稿、佛教铜造像等240余件。